Heilpraktiker und Arzt können im Rahmen einer Organisationsgemeinschaft derart zusammenarbeiten, dass sie die Einrichtungen in einer Praxis gemeinsam nutzen. Sie verwenden als kooperierende Partner gemeinsam die Behandlungsräume, Einrichtungen oder medizinische Apparate; zudem beschäftigen sie gemeinsames Personal. Auf diese Weise können die laufenden Unterhaltskosten für die Praxisführung und die Verwaltungskosten reduziert werden.

Organisationsgemeinschaften zwischen Ärzten und Heilpraktikern sind grundsätzlich zulässig. Jedoch dürfen Ärzte ihren Beruf nicht gemeinschaftlich mit einem Heilpraktiker ausüben. Arzt und Heilpraktiker dürfen deshalb die Grenze zum gemeinschaftlichen heilkundlichen Handeln nicht überschreiten.

Im Rahmen rein organisatorischer Kooperationen von Arzt und Heilpraktiker müssen die Angehörigen ihre fachlichen Tätigkeiten strikt getrennt voneinander entfalten. Dies kann durch räumliche Trennung, Ausgestaltung des Vertragsverhältnisses oder anderweitige organisatorische Vorkehrungen erfolgen.
Die Therapeuten dürfen nur nacheinander und in unterschiedlichen Räumen tätig werden. Sie dürfen sich nur in Abwesenheit des Patienten und nach dessen ausdrücklichem Einverständnis über Therapiemaßnahmen austauschen oder diese aufeinander abstimmen. Der Patient darf nicht zeitgleich und nahtlos von Arzt und Heilpraktiker behandelt werden. Ausnahmen kommen in Betracht, sofern sich die Tätigkeit des Heilpraktikers auf eine rein unterstützende Handlung der ärztlichen Therapie beschränkt.

Gemeinschaftspraxen von Heilpraktikern und Ärzten sind deshalb nicht möglich. Nach der ärztlichen Berufsordnung gilt Gleiches für die Bildung einer medizinischen Kooperationsgemeinschaft.
Gemäß § 18 der Musterberufsordnung ist es Ärzten gestattet, sich ausschließlich mit anderen Ärzten zur gemeinsamen Ausübung des Arztberufs oder dem Erbringen einzelner Leistungen zu Berufsausübungsgemeinschaften und Praxisverbünden zusammenschließen.
§ 30 Abs. 2 MBO-Ä untersagt es Ärzten, zusammen mit Personen, die weder Ärztinnen oder Ärzte sind, zu untersuchen oder zu behandeln. Mangels staatlicher Approbation ist auch der Heilpraktiker ein Nicht-Arzt im Sinne der Musterberufsordnung; er scheidet als Kooperationspartner einer ärztlichen Gemeinschaftspraxis aus.

§ 23 b MBO-Ä ermöglicht es Ärzten jedoch, sich mit selbständig tätigen und zur eigenverantwortlichen Berufsausübung befugten Berufsangehörigen anderer akademischer Heilberufe im Gesundheitswesen oder staatlicher Ausbildungsberufe im Gesundheitswesen sowie anderen Naturwissenschaftlerinnen und Naturwissenschaftlern – auch beschränkt auf einzelne Leistungen – zur kooperativen Berufsausübung zusammenschließen.

Heilpraktiker üben jedoch weder eine naturwissenschaftliche Tätigkeit aus noch gehören sie der Gruppe der „akademischen“ Heilberufe an. Sie scheiden deshalb auch als potentieller Partner einer medizinischen Kooperationsgemeinschaft aus. Ärzten ist es deshalb rechtlich nicht möglich, sich mit Heilpraktikern zum Zwecke einer gemeinsamen Berufsausübung zusammenschließen.